Нестор Лакоба родился в селе Лыхны. За несколько месяцев до его рождения его отец был убит. Несмотря на материальные затруднения, мать мальчика определила его в Афонскую церковно-приходскую школу. В 1905–1910 годах Нестор обучался в Тифлисском духовном училище, затем поступил в Тифлисскую духовную семинарию. В бытность семинаристом он участвовал в работе литературного кружка, где познакомился и с нелегальной революционной литературой. За «распространение среди товарищей вредных слухов» Лакобу исключили из Тифлисской семинарии без права поступления в любую другую семинарию. В том же году юноша уехал в Батум. Он активно занимался самообразованием, зарабатывал на жизнь репетиторством, затем работал санитаром в городской управе. В сентябре 1912 года он вступил в ряды РСДРП(б) и стал вести пропагандистскую работу среди населения. В конце концов власти «предложили» Лакобе «добровольно» покинуть пределы города и области, и тот вернулся в Абхазию, а затем поехал в Грозный, где стал активистом местной большевистской организации и устроился в отделение Волго-Камского банка. В 1915 году, уже во время Первой мировой войны, Лакоба экстерном сдал экзамен в Грозненское реальное училище и получил свидетельство о его окончании. В 1916 году он поступил на первый курс юридического факультета Харьковского университета, но, не имея возможности зарабатывать на жизнь в тяжёлых условиях военного времени, был вынужден вскоре вернуться в Абхазию. Здесь он работал на строительстве железной дороги, а в конце 1916 года создал большевистскую организацию.
После Февральской революции Лакоба проявил себя как энергичный организатор. Он был избран гудаутским участковым комиссаром. В декабре 1917 года Лакоба стал инициатором создания крестьянской боевой дружины «Киараз», существовавшей до 1921 года. Руководители «Киараза» выступали за вхождение Абхазии в состав РСФСР, участвовали в установлении советской власти в Сухуме и участвовали в боях с подразделениями, верными грузинским меньшевикам. Летом 1920 года Лакоба выехал в Москву, а затем в Екатеринодар, где возглавил Горскую секцию Кубано-Черноморского исполкома. В июне того же года он выступал на первом съезде рабочих и крестьян в Новороссийске от имени трудящихся Абхазии. В сентябре 1920 года Лакоба принял участие в съезде народов Востока. После этого мероприятия он на некоторое время остался в Баку, но уже в октябре отправился в Турцию для заключения мирного договора. В Абхазию Лакоба и его соратник Е. Эшба вернулись 6 марта 1921 года, а 10 марта Ревком Абхазии послал Ленину телеграмму, где говорилось, что на территории Абхазии установлена советская власть.
С установлением советской власти Лакоба работал заместителем председателя Ревкома и Наркомвоенмором Абхазии. В феврале 1922 года на первом съезде Советов Абхазии его избрали председателем Совнаркома Абхазии, а в 1930 году, после ликвидации СНК, – председателем ЦИК. В 1931 году Абхазия вошла в качестве автономной республики в состав Грузии.
На годы, когда Абхазией руководил Лакоба, пришёлся период процветания региона. Особенностью Лакобы было его лояльное отношение к бывшим дворянам: князья Шервашидзе, Эмухвари, Эшба бывали у него на приёмах, а некоторые выходцы из местной аристократии даже занимали ответственные посты в абхазском правительстве. Лакоба не всегда следовал директивам «сверху» и даже в официальных выступлениях часто ссылался на такие понятия как «местные условия» и «живая действительность».
Лакоба был похоронен в Ботаническом саду Сухума. Примерно через месяц его стали характеризовать как «врага народа». Осенью состоялся открытый процесс над «лакобавцами»: на скамье подсудимых оказались соратники и родственники покойного. 10 из 13 обвиняемых были приговорены к высшей мере наказания. Самого Лакобу перезахоронили на Михайловском кладбище, а затем его останки были сожжены в известковой яме. Члены семьи, родственники и единомышленники Лакобы подверглись репрессиям.
Был женат на Сарие Лакоба, урождённой Джих-Оглы (1904–1939). Имел сына Рауфа (1922–1941). Супруга Лакобы была репрессирована и арестована. Она скончалась в тюремной больнице.
