Монастырь, основанный в 1357 году и входящий в число обителей, продолжающих Сергиевскую иноческую традицию. Первым игуменом обители стал ученик преподобного Сергия Радонежского – преподобный Андроник Московский.
Андроников монастырь был основан митрополитом Алексием. Ученик скончавшегося в 1353 году митрополита Феогноста Алексий, до пострижения Елевферий Бяконт, в 1354 году отправился в Константинополь для принятия сана митрополита Киевского и всея Руси. При подходе к Царьграду судно, на котором находился Алексий, попало в сильный шторм. Будущий митрополит дал обет, что в случае спасения им будет основан храм в Москве в честь того события или святого, чья память будет праздноваться в день достижения судном Золотого Рога – морских ворот Константинополя. 16 августа по старому стилю, – в день празднования перенесения из Едессы в Константинополь Нерукотворного Образа Господа Иисуса Христа, - Алексий оказался в Царьграде.
В 1356 году Алексий повторно посетил Константинополь и привез из Царственного града Мандилион – икону Спаса Нерукотворного Образа. В 1357 году в Москве митрополитом Алексием был основан Андроников монастырь. Место для монастыря было выбрано на месте слияния реки Яузы и небольшого ручья, получившего название Золотой Рожок. 16 августа 1357 года был освящен деревянный Спасский храм, выстроенный на территории Андроникова монастыря.
В 1368 году деревянный собор сгорел и на его месте был выстроен новый, тоже деревянный, но с каменным полом, – фрагменты плинфы были обнаружены в ходе раскопок 1993 года.
В период с 1390-го по 1427 год Спасский собор вновь был перестроен и воздвигнут белокаменный однокупольный четырехстолпный трехапсидный храм, который сохранился по сей день.
Именно этот храм расписывали Андрей Рублев и Даниил Черный.
В жизни Рублева Андроников монастырь сыграл очень важную роль. Именно здесь, ещё при первом игумене Андронике будущий величайший иконописец принял монашеский постриг. Это событие произошло до 1395 года, так как 14 июня 1395 года Андроник скончался.
Игуменом обители стал сподвижник Андроника – Савва. Савва продолжил дела предшественника. Монастырь постепенно возрастал. В 1410 году преподобный Савва скончался и был погребен в одной могиле с преподобным Андроником.
Весной 1428 года Андрей Рублев работал над фресками Спасского собора Андроникова монастыря.
Чума – нередкое явления в городах XV века, моровое поветрие ходило по землям Европы вплоть до XVIII века. Осенью 1428 года в Москве была очередная эпидемия, во время которой скончались находившиеся в тот момент в Андрониковом монастыре Андрей Рублев и Даниил Черный. Иконописцы был погребены на территории монастыря, где, впоследствии также были захоронены воины Северной войны и Отечественной войны 1812 года, представители многих знатных дворянских родов, основатель русского театра Ф.Г. Волков, меценат, основатель Ярославского училища высших наук П.Г. Демидов.
При игумене Митрофане, духовнике Ивана III, в Андрониковом монастыре построена одностолпная трапезная (третья по величине после Грановитой палаты и трапезной Иосифо-Волоцкого монастыря).
В XVI – XVII веках монастырь становится одним из центров переписки книг, в монастырской библиотеке собирается значительная коллекция трудов Максима Грека.
Во время нашествия хана Девлет-Гирея в 1571 году монастырь подвергся нападению, в 1611 году обитель пострадала от нашествия поляков.
В 1653 году в Андрониковом монастыре «три дни, ни ел, ни пил; во тьме сидя» содержался протопоп Аввакум .
В 1690 году около Святых ворот монастыря поставили настоятельский корпус; позже отстроили братские корпуса.
В 1691 году над трапезной монастыря надстроили храм, в третьем ярусе которого освятили во имя святого Алексея-митрополита церковь. В среднем ярусе устроили церковь Михаила Архангела с приделом святых апостолов Петра и Павла. В 1819 году придел был упразднен, а на его месте освятили придел во имя иконы Усекновения главы Иоанна Предтечи.
Также был устроен ещё один придел — во имя святого Александра Команского. На нижнем ярусе была сделана фамильная усыпальница Лопухиных с церковью во имя иконы Знамения Божией Матери.
В середине XVIII века стены монастыря отстроили в камне, по проекту архитектора Р.Р. Казакова на месте старой надвратной колокольни была поставлена каменная, высотой 73 метра, выше была только колокольня Ивана Великого.
Во время московского пожара весны 1748 года пострадали библиотека и архив монастыря.
В 1812 году обитель была разорена французами, барабан и глава Спасского собора обрушились.
В середине XIX века собор был значительно переделан по проекту П.А. Герасимова.
С юга к собору был пристроен придел Успения Божией Матери, с севера — святого Андроника. Закомары и кокошники были убраны под четырёхскатную крышу, а над ним подняли восьмигранный барабан с шатровой крышей.
В 1918 году монастырь был закрыт, на его территории до 1922 года располагался один из первых концентрационных лагерей ВЧК для офицеров и политических противников новой власти. В 1922 —1928 годах в монастыре располагалась колония для беспризорников. В 1928 году территория была передана в ведение завода «Серп и Молот», в монастырских зданиях, в том числе и в храмах, устроили 200 комнат для рабочих. В 1930—1940-х годах там также располагались учреждения наркомата обороны.
В 1927 году был уничтожен некрополь Андроникова монастыря, а в 1929—1932 годах была взорвана колокольня монастыря.
Огромную роль в восстановлении монастыря сыграли П.Д. Барановский и П.Н. Максимов.
После Великой Отечественной войны, в 1947 году по инициативе И.Э. Грабаря на территории монастыря был создан историко-архитектурный заповедник имени Андрея Рублева.
В 1989 году Спасский собор был освящён и богослужения возобновились.
