
Ранние годы
Юрий Михайлович родился 5 октября 1856 г. в столице Российской империи. Отец – Михаил Осипович Шокальский, мать – Екатерина Ермолаевна Керн.
Обучался в Морском кадетском корпусе, который закончил в 1877 г. с нахимовской премией. По окончании учебного заведения в мае – сентябре 1877 г. Ш. вместе со своим сокурсником Ф.К. Дриженко плавали на «Петре Великом» по Балтике. В 1878 г. получил производство в мичманы. Стал слушателем Николаевской морской академии. В 1880 г. окончил гидрографический отдел академии по 1-му разряду. Начал специализироваться на научной работе по географии.
Ученый – преподаватель
Карьера Ш. некоторое время была связана с отделением морской метеорологии и предупреждений о штормах при Главной физической обсерватории, которое он возглавлял. Вскоре Ш. перевелся в морское училище, где занимался преподаванием математики, навигации и физической географии. В Морской академии (до 1930 г.), затем – в Военно-инженерной академии, Ленинградском университете он преподавал на протяжении всей своей жизни. В Морской академии Ш. исполнял должность старшего руководителя кафедры океанографии, декана гидрографического факультета.
Шокальский – исследователь
В 1895 г. Ш. и Ф.К. Дриженко составили план гидрографического изучения озера Байкал, которое в дальнейшем провел Ф.К. Дриженко. В 1897 г. Ш. приступил к изучению Ладожского озера. За четыре года работы им была определена площадь озера, его глубина, объем водной массы, термический режим.
В 1907 г. Ш. возглавил работы по изучению морей в Главном гидрографическом управлении. Благодаря Ш. в науку был введен термин «Мировой океан». В 1917 г. вышел его труд «Океанография», за которую он получил премию Российской академии наук (1919) и премию Парижской академии наук (1923).
В 1918 – 1924 гг. Ш. членствовал в работе межведомственной комиссии при Главном гидрографическом управлении Народного комиссариата по морским делам РСФСР, которая занималась введением счета времени по международной системе часовых поясов.
В 1923 – 1927 гг. – глава океанографической экспедиции по комплексному исследованию Черного моря. Провел исследования в морях Арктики. Входил в число разработчиков научной программы освоения и использования Северного морского пути.
В годы Советской власти возглавлял Геодезический комитет Госплана СССР и Главное управление гидрометеорологической службы.
Умер Ш. 26 марта 1940 г. в Ленинграде
Русское географическое общество
На протяжении практически всей своей жизни Ш. был связан с Русским географическим обществом. Действительный член общества. После смерти в 1914 г. П.П. Семенова-Тян-Шанского вице-председателем назначили Ш. С марта 1917 г. – председатель Русского географического общества (до 1931 г.), в 1931 – 1940 гг. – Почетный президент общества.