МЕДИЦИНСКАЯ КАНЦЕЛЯРИЯ - центральное государственное учреждение в Российской империи в 1721-1763 годах, ведавшее медицинским делом.
Образована указом Петра I от 14(25).08.1721 года вместо Аптекарского приказа. Находилась в Санкт-Петербурге (в 1728-1732 годах в Москве), имела в качестве отделений центральную контору в Москве (1721-1728, 1732-1763 годы) и контору в Санкт-Петербурге (1728-1732 годы), а также местную контору в Астрахани.
Подчинялась императору, фактически Сенату, а в 1732-1741 годах - Кабинету министров. Возглавлялась архиатром (главным врачом империи, должность которого введена в 1716 году указом Петра I), в сентябре1730 года - начале 1732 года - собранием из 5 докторов.
Деятельность Медицинской канцелярии регулировалась указами Петра I (1721 год) и императрицы Анны Ивановны (1730 год), др. документами. Медицинская канцелярия экзаменовала докторов, лекарей (подчинялись докторам, имели степень кандидата), аптекарей и с 1754 года - повивальных бабок, выдавала свидетельства, подтверждавшие их «медицинские познания».
В соответствии с разработанным самой канцелярией Генеральным регламентом о госпиталях 1735/1736 года ведала всеми госпиталями, назначала докторов, лекарей, аптекарей, гезелей (помощников лекарей или аптекарей) на штатные должности в армию и на флот, осуществляла контроль за их службой, разбирала профессиональные споры медиков и расследовала их злоупотребления, освидетельствовала увольняемых в отставку по инвалидности военнослужащих, а также рекрутов.
Должна была систематизировать информацию о болезнях и способах их лечения. Осуществляла судебно-медицинскую экспертизу, обследовала заключённых. Импортировала и заготавливала химическое сырьё, растения для лекарств и готовые лекарственные препараты, составляла каталоги лекарств и хирургических инструментов, следила за снабжением медикаментами всех медицинских учреждений.
Надзирала за государственными (казёнными и полевыми), а также частными аптеками, которые в 1721 году по примеру Москвы разрешено открывать в Санкт-Петербурге, губернских и провинциальных городах; разработала Регламент о содержании полевых аптек (1736 год). С 1733 года в Санкт-Петербурге при Медицинской канцелярии и в Москве при её конторе действовал постоянный физикат для веде́ния в этих городах т. н. физических дел: принятия противоэпидемических мер, проверки аптек и их огородов (ботанических садов и специальных оранжерей), борьбы с продажей ядов, со знахарством и др. В 1737 году по инициативе Медицинской канцелярии императрицей Анной Ивановной в крупных административных центрах (Пскове, Новгороде, Твери и др.) введены должности городовых лекарей.
Упразднена указом императрицы Екатерины II от 12(23).11.1763 года, заменена Медицинской коллегией.
Главы Медицинской канцелярии: И. Л. Блюментрост (1721-1730 годы), И. Х. Ригер (1732-1734 годы), И. Б. Фишер (1734-1741 годы), И. И. Лесток (1741-1748 годы), Г.Каау-Бургаве (1748-1753 годы), П. З. Кондоиди (1754-1760 годы), И. Я. Лерхе (1760-1762 годы; 1762-1763 годы), Я. Манзей (1762 год).