Владимир Николаевич Гайдуков родился 4 января 1923 года в селе Новоживотов (ныне – Ильинецкий район Винницкой области Украины). По национальности русский. Окончил среднюю школу.
В октябре 1940 года Гайдуков был призван на службу в Рабоче-Крестьянскую Красную Армию Молотовским районным военным комиссариатом города Грозного. Учился в Военной артиллерийской академии имени Ф. Э. Дзержинского, но не окончил её из-за начавшейся Великой Отечественной войны. В 1942 году Гайдуков окончил курсы командиров батарей.
С 6 июня 1942 года – на фронтах Великой Отечественной войны. Воевал командиром батареи 120-миллиметровых миномётов, затем начальником артиллерии 737-го стрелкового полка 206-й стрелковой дивизии 47-й армии. Неоднократно отличался в боях. Так, во время боёв под Воронежем в начале весны 1943 года батарея Гайдукова отразила 8 немецких атак, уничтожив 3 миномётных батареи, 4 противотанковых орудия, 29 огневых точек, 18 блиндажей, до 300 солдат и офицеров противника. В ходе последующего наступления она участвовала в прорыве линии немецкой обороны в районе населённого пункта Озерки, уничтожив 2 противотанковых орудия и 4 ручных пулемёта, а 10 марта 1943 года в бою за Нижнюю Сыроватку подавила миномётную батарею. Когда во время одного из боёв к огневой позиции артиллеристов подошла немецкая пехота, Гайдуков организовал круговую оборону, сковав действия противника и дав возможность основным силами спасти от уничтожения всю материальную часть. 13 мая 1943 года он был удостоен первой своей боевой награды – ордена Красной Звезды.
Участвовал в Курской битве, во время которой с 5 августа 1943 года батарея под его командованием уничтожила до 200 солдат и офицеров, 30 автомашин, 4 пулемёта, 3 артиллерийских батареи, 1 склад с боеприпасами, подбила 2 танка противника, а также отразила большое количество немецких контратак. За это Гайдуков был удостоен второго ордена Красной Звезды.
Старший лейтенант Владимир Николаевич Гайдуков особенно отличился во время битвы за Днепр. 27 сентября 1943 года в районе южной окраины села Келеберда Кременчугского района Полтавской области Украинской ССР Гайдуков организовал переброску на западный берег противотанковой артиллерии и миномётов. Форсирование реки проходило с огромными трудностями – под шквальным огнём, по пояс в ледяной воде, на крутых берегах Днепра, но артиллеристы справились с порученной задачей. 29 сентября 1943 года к северо-западу от деревни Пекари Каневского района Черкасской области противник предпринял контратаку пехоты при поддержке танков и самоходок. Гайдуков организовал стремительный встречный контрудар силами личного состава миномётных рот и артиллерийских батарей, обратив врага в бегство. 30 сентября 1943 года он был ранен. 25 октября 1943 годка командир 737-го стрелкового полка майор А. С. Беляев представил Гайдукова к званию Героя Советского Союза.
После излечения Гайдуков вновь вернулся на фронт. В боях на реке Прут он вновь был тяжело ранен. После длительного лечения он был признан не годным к дальнейшей службе и уволен из рядов Вооружённых Сил СССР в звании капитана.
Проживал в Москве. В 1950 году Гайдуков окончил Институт внешней торговли, после чего работал в Государственном комитете Совета Министров СССР по внешнеэкономическим связям. Овладел английским и французским языками, неоднократно командировался в зарубежные страны. Умер 1 июля 2006 года, похоронен на Химкинском кладбище Москвы.
