ЙЕНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ имени Фридриха Шиллера, основан в 1548 году.
Основан в 1548 году бывшим курфюрстом Саксонии Иоганном Фридрихом (Великодушным) как школа протестантских пасторов в здании доминиканского монастыря Collegium Jenense. В 1557 году император Фердинанд I Габсбург даровал школе университетский статус. На протяжении столетия учебное заведение оставалось классическим средневековым университетом с традиционными четырьмя факультетами: изящных искусств, теологии, права и медицины. До конца Тридцатилетней войны 1618-1648 годов университет являлся оплотом ортодоксального лютеранства.
Однако к середине XVII века в нём начало складываться сообщество учёных с исключительно широкими интересами. В 1690-х годах значение университета падает, новый подъём относится к концу XVIII века, университет становится центром классической немецкой философии и немецкого романтизма (смотрите Йенский романтизм). Наибольшего расцвета университет достиг при герцоге Саксен-Веймарском и Эйзенахском Карле Августе в 1787-1806 годах. Большую роль в развитии университета сыграл И. В. Гёте, занимавший пост камер-президента и привлекавший в Йену крупных учёных. По его инициативе в университете основаны обсерватория и минералогическая коллекция. Йенские студенты были в первых рядах борцов за освобождение Германии от наполеоновских войск.
В начале XIX века Йена считалась своего рода гуманитарной столицей Европы. С Йенским университетом связана деятельность И. Г. Фихте, Ф. Шеллинга, Ф. Шиллера, бр. Шлегель, Л. Окена. В 1801-1806 годах курс философии в нём читал Г. В. Ф. Гегель. В 1846 году выпускник Йенского университета К. Цейс создал в Йене мастерскую точной механики и оптики, ставшую позднее (при участии Э. Аббе) ведущей оптической фирмой «Carl Zeiss». В университете работали математик и философ Г. Фреге, историк И. Г. Дройзен, биолог Э. Геккель и др. Студентами университета были: Г. В. Лейбниц, Новалис, Л. Тик, В. Г. Вакенродер, Ф. Гёльдерлин, К. Брентано, Э. М. Арндт. С начала XX века и вплоть до падения Веймарской республики в Йенском университете регулярно устраивались выставки ведущих экспрессионистов, университет сотрудничал с Баухаузом.
После 1933 года университет превратился в «образцовое национал-социалистическое учебное заведение». С 1934 года университет носит имя Ф. Шиллера. По окончании Второй мировой войны Йенский университет был первым университетом, открытым (1945 год) в советской зоне оккупации. После объединения Германии (1990 год) в университете сократили многие кафедры и отделения. В Йенском университете функционируют (2007 год) 10 факультетов, Европейская протестантская школа, анатомический институт, Кабинет восточной нумизматики (1840 год), одна из крупнейших библиотек Германии (свыше 2,7 млн. томов), ботанический сад, клиника и др. подразделения; обучаются свыше 16 тысяч студентов.