Комплекс фортификационных сооружений в дельте реки Северная Двина. Находится на северо-западной оконечности острова Линский Прилук, на окраине посёлка Конвейер, недалеко от Архангельска.
Крепость была заложена 12 июня 1701 года, в ходе Северной войны (1700 – 1721) для обороны Архангельска.
В декабре 1700 года Петр I распорядился срочно начать строительство крепости с гарнизоном в 1000 человек, которая бы перекрывала подступы к Архангельску с моря, была способна выдержать артиллерийский обстрел и вражеский десант не смог бы её захватить. Архангельский боярин и воевода, князь Алексей Петрович Прозоровский, коему и было повелено выполнить государев указ, незамедлительно приступает к строительству. Для возведения крепости было выбрано место на расстоянии 20 верст от Архангельска на острове Линской Прилук. Инженером, автором проекта крепости стал Георг Резе. Предложенный им вариант вобрал в себя достижения немецкой, французской, итальянской и голландской инженерных школ. Вместе с самой крепостью в устьях Северной Двины возводилась целая система укреплений. Так, к приходу шведского флота в 1701 году кроме крепости были устроены четыре батареи. 25 июня 1701 года гарнизон ещё недостроенной к тому моменту Новодвинской крепости одержал победу над шведским флотом.
К 1705 году были завершены основные строительные работы, окончание возведения комплекса относится к 1714 году, когда на северной стороне крепости был построен равелин.
В конце 50-х годов XVIII века на острове Никольском в Мурманском устье и на острове Лицком в Пудожемском устье были возведены новые батареи, старая, – на Лапоминке, была отремонтирована.
В 1790 году была создана новая линия обороны, призванная обеспечить надежную защиту входов во все судоходные рукава Северной Двины.
В 1801 году в соответствии с указом императора Павла I была полностью пересмотрена система обороны, созданная в 1790 году. Кроме того, император постановил привести в оборонительное состояние сам Архангельск, Онежский порт и Соловецкий монастырь.
В связи с началом Крымской войны (1853 – 1856) возводятся новые батареи, Новодвинская крепость дополнительно вооружается.
В 1861 году был упразднен Архангельский военный порт, в 1863 году по указу императора Александра II была упразднена Новодвинская крепость.
В 1864 году крепость была передана в ведение Архангельской епархии. На территории крепости предполагалось устроить женское училище, однако было принято решение отказаться от данной идеи – в силу отдаленности от города. Некогда могучее фортификационное сооружение стало использоваться как источник строительных материалов. В 1877 году сгорела старинная церковь в честь святых апостолов Петра и Павла, освящённая ещё архиепископом Афанасием в присутствии Петра I. Тогда же погибли многие петровские реликвии. Через шесть лет на территории крепости была возведена деревянная церковь во имя святого Александра Невского.
В 1894-1898 годах строилась железная дорога, призванная соединить Вологду с Архангельском, данный проект требовал большого количества стройматериалов, в том числе камня. Епархия приняла решение продать часть камня из крепостных стен строителям железной дороги.
В 1898 году архангельский губернатор А.П. Энгельгардт запретил продавать крепостные стены и собрал комиссию для оценки состояния крепости. В начале XX века коллектив историков, исследователей и архитекторов-реставраторов во главе с основоположником отечественной школы научной реставрации архитектурных памятников П.П. Покрышкиным принялся за подробное изучение памятника архитектуры. В начале 10-х годов XX века Новодвинская крепость была причислена к списку достопримечательностей России.
В советский период на территории крепости сначала находилась детская колония-коммуна, позже — исправительно-трудовое учреждение, просуществовавшее до начала 2000-х годов.
В декабре 2007 года крепостные сооружения были переданы музею, и с 2008 года начались противоаварийные работы и работы по расчистке территории.
