Историк, публицист, политический и общественный деятель.

Окончил историко-филологический факультет Петербургского университета (1891). Большое влияние на Мякотина оказал В.И. Семевский. Преподавал в Александровском лицее и Военно-юридической академии. Сотрудничал с журналом «Русское богатство» (с 1904 член редколлегии). Участвовал в организации «Союза освобождения» и партии социалистов-революционеров. Неоднократно подвергался аресту, в ссылке в г. Валдай (1901-904). Организатор Народно-социалистической партии (1906). Считал, что переход к социализму должен быть эволюционным и займет много времени. В 1911-12 подвергся годичному заключению в Двинской крепости. В 1917 член Исполкома Петроградского совета рабочих и солдатских депутатов, член Президиума Народно-социалистической партии. Крайне негативно встретил Октябрьскую революцию. В 1920 осужден по делу «Тактического центра», амнистирован по ходатайству В.Г. Короленко.

В 1922 выслан из Советской России. Проживал в Берлине (1922-24), Праге (1924-28), с 1928 в Болгарии. Профессор кафедры русской истории Софийского университета. Член совета Русского зарубежного исторического архива. Соредактор журнала «Голос минувшего на чужой стороне». Внес большой вклад в изучение истории украинского крестьянства. Автор мемуаров «Из недалекого прошлого» (На чужой стороне. 1923-25. Кн. 3, 5, 6, 13).

Сочинения:

Лекции по русской истории. СПб., 1892;

Протопоп Аввакум: Его жизнь и деятельность: Биографический очерк. СПб., 1894;

Из истории русского общества. СПб., 1902;

Очерки социальной истории Украины в XVII-XVIII вв. Прага, 1924-26. Т. 1. Вып. 1-3;

История Руси в конце XVII и первой половине XVIII столетия. София, 1928;

Переяславский договор 1654 года. Прага, 1930;

История Руси от IX до XVIII века. София, 1937.