Крупный религиозный деятель, митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский (с 1898), первенствующий член Святейшего Синода (1900).
Из семьи приходского священника. Учился в Тамбовских духовном училище и духовной семинарии, Казанской духовной академии (1866-1870), преподавал там же с 1871 года (доцент кафедры церковного проповедничества). 14 апреля 1871 года получил степень магистра богословия. C 1875 года – член комиссии по описанию рукописных и старопечатных книг библиотеки Соловецкого монастыря. С 1874 года - редактор «Православного собеседника».
После семейных трагедий (смерть жены в 1879 году и детей в 1882 году) принял монашеский постриг (4 марта 1883 года). С ноября того же года – архимандрит, настоятель казанского Иоанно-Предтеченского монастыря. Экстраординарный профессор Казанской духовной академии (1883), в 1884 году назначен её инспектором. С 1885 года в Санкт-Петербурге, инспектор (1885) и ректор (1887) Санкт-Петербургской духовной академии. Епископ Выборгский (1897), совмещает церковно-административную и научную деятельность. Доктор богословия (1893) и церковной истории (1895).
Архиепископ Финляндский и Выборгский (1892), присутствующий член Синода (1892; с 1900 года первенствующий). При нём в епархии построено более 10 храмов, организовано 70 церковноприходских школ, большое внимание уделено переводу богослужебных книг на финский язык. В июне 1897 года посетил Великобританию по случаю 60-летия правления королевы Виктории, награждён докторскими степенями права и теологии Оксфордского и Кембриджского университетов. Митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский (1898). Подписал определение Синода от 20-22 февраля 1901 года «О графе Льве Толстом» об отпадении писателя от православной церкви. В 1905 году выступал за возрождение соборности в церкви, за ослабление контроля светской власти над церковной жизнью. На заседаниях Синода под председательством Антония были выработаны положения поданного 22 марта 1905 года императору Николаю II доклада с предложением созвать в Москве Поместный собор и учредить Патриаршество. Совместно с митрополитами Московским и Киевским 16 января 1906 года возглавил Предсоборное присутствие.
Член Государственного совета (22 апреля – 27 июня 1906 года, освобождён по собственному прошению). Пользовался репутацией либерала. Отказался освятить хоругвь и знамя «Союза русского народа». Правые политические деятели и печатные органы обвиняли Антония в покровительстве сторонникам церковного обновления, защите политически неблагонадёжных священников и студентов духовных школ. Попытка консервативно настроенных архиереев (архиепископ Николай (Зиоров), архиепископ Антоний (Храповицкий), епископ Серафим (Чичагов), епископ Ермоген (Долганёв)) добиться удаления Антония из Синода успехом не увенчалась.
Погребён на кладбище Александро-Невской лавры.
Сочинения:
Из истории христианской проповеди: Очерки и исслед. СПб., 1895.
Речи, слова и поучения. СПб., 1901.
Записки о реформе Церкви // ВиР. 1908. № 15. С. 285-288.
«Ответ» митр. С.-Петербургского и Ладожского Антония (Вадковского) на «Открытое письмо» лидера Союза Русского Народа А. И. Дубровина // Русское прошлое. 1994. № 5. С. 20-39.
О проповедях блаж. Августина: (Лекции для студентов СПб.) // Сосуд избранный: История российских духовных школ / Сост. М. Склярова. СПб., 1994. С. 33-58.
